Op 15 december 1990 van Kirgizische Socialistische Sovjetrepubliek gewijzigd in de Republiek Kirgizië (of Kirgizstan). Staatshoofd werd de in oktober 1990 gekozen president Askar Akajev. Reeds in 1991 nam het parlement wetten aan om de economie te hervormen. Tijdens de augustus-staatsgreep in Moskou, probeerden conservatieve communisten in Kirgizië president Akajev tevergeefs ten val te brengen. Op31 augustus 1991 riep Kirgizië de onafhankelijkheid uit.
In 1993 nam Kirgizië een nieuwe grondwet aan en werd het land een presidentiële republiek. In de grondwet wordt ook de bijzondere positie van de Islam benadrukt. Ondanks deze specifieke vermelding zijn er na 1996 (opkomst van de Taliban) moslim-fundamentalistenactief in Kirgizië.
In 1995 en in 2000 werd Akajev tot president herkozen. In maart 2002 was er een protest tegen president Akajev omdat Azimbek Beknazarov, een parlementariër die ervan verdacht werd zijn macht te hebben misbruikt, terecht moest staan. De meer dan 2000 demonstranten waren het hier niet mee eens en vreesden dat de regering hierachter zat om Beknazarov monddood te maken. Bij deze demonstratie vielen zeker 6 doden en 61 gewonden.
In mei 2002 werd er opnieuw een demonstratie ten gunste van Beknazarov onderdrukt. De oproer politie ging hierbij hardhandig te werk. In november 2002 werden er oppositieleiders gearresteerd.
In februari 2005 vonden er parlementsverkiezingen plaats die frauduleus verliepen. Zowel de oppositie als internationale waarnemers beschouwen de verkiezingsuitslag ondemocratisch. Sinds de officiële uitslag van de verkiezingen is bekendgemaakt, vinden er dagelijks demonstraties plaats. Op Palmzondag (21 maart) werden enige belangrijke gebouwen in de hoofdstad Bisjkek bezet. Oppositiekrachten - die zich duidelijk laten leiden door de gebeurtenissen in Georgië twee jaar eerder - noemen deze opstand de Tulpenrevolutie.
Uiteindelijk leidde dit op Witte Donderdag (24 maart) tot een machtsomwenteling, waardoor Akajev zijn positie moest opgeven.Koermanbek Bakijev werd daarbij interim-president en voorzitter van het parlement. In juli 2005 werd Bakijev als president gekozen. Na de inauguratie benoemde hij volgens afspraak Feliks Koelov tot premier.
In april 2010 zijn er opnieuw demonstraties met als aanleiding de arrestatie van oppositieleiders, onder wie voormalig presidentskandidaatAlmazbek Atambajev en pogingen van de zittende regering om de vrijheid van meningsuiting te beknotten en de media in hun werk te belemmeren. Op 7 april vallen er minimaal 17 doden onder betogers en zeker 150 mensen raakte gewond bij bloedige betogingen in de hoofdstad: Bisjkek. Ook meld de oppositie dat zij de macht in het land hebben overgenomen na deze bloederige rellen
